134 ressources en auto-formation : génomique

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Présentation de la ressource en auto-formation 3.9. Comment évaluer la qualité de prédiction des méthodes ? cours / présentation
3.9. Comment évaluer la qualité de prédiction des méthodes ?
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Nous avons vu qu'il était possible, ou du moins nous le pensions, améliorer la qualité de prédiction des gènes sur un génome bactérien en introduisant des démarches supplémentaires, de recherches de sites de RBS par exemple, ou d'avoir recours à des approches probabilistes du type chaînes de Markov. ...
Présentation de la ressource en auto-formation 4.1. Comment prédire les fonctions des gènes/protéines ? cours / présentation
4.1. Comment prédire les fonctions des gènes/protéines ?
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Après avoir regardé dans les yeux, les semaines précédentes, l'ADN, vu comment cet ADN par séquençage produisait des textes, des séquences génomiques, étudié la relation entre gènes et protéines, gènes portant l'information qui est utilisée par la cellule pour produire une ou plusieurs protéines, ...
Présentation de la ressource en auto-formation 2.10. Comment trouver les gènes ? cours / présentation
2.10. Comment trouver les gènes ?
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : L'obtention de la séquence complète d'un génome d'un organisme vivant est certes un beau résultat, mais c'est en fait le début d'une longue phase d'interprétation, d'annotations et de comparaisons. Par annotations, on entend quoi? On entend d'abord la prédiction des positions des gènes, où sont ...
Présentation de la ressource en auto-formation 1.8. Compressing the DNA walk cours / présentation
1.8. Compressing the DNA walk
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : We have written the algorithm for the circle DNA walk. Just a precision here: the kind of drawing we get has nothing to do with the physical drawing of the DNA molecule. It is a symbolic representation. It is a way of representing the information content of the sequence as a drawing. Remember that ...
Présentation de la ressource en auto-formation 1.5. Compter les nucléotides cours / présentation
1.5. Compter les nucléotides
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Notre premier algorithme vise assez simplement à compter les nucléotides d'une séquence génomique, autrement dit à compter les lettres dans une chaîne de caractères. En entrée, cette chaîne de caractères, encore une fois écrite dans cet alphabet de 4 lettres, et dont la fin est marquée par un ca ...
Présentation de la ressource en auto-formation 1.6. Contenu en G-C et A-T des séquences cours / présentation
1.6. Contenu en G-C et A-T des séquences
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Les algorithmes qui travaillent sur les séquences génomiques, sur les textes génomiques, doivent produire des résultats interprétables et utiles aux biologistes. Nous allons voir que même sur l'algorithme très simple que nous avons construit de comptage de nucléotides, eh bien cet algorithme produit ...
Présentation de la ressource en auto-formation 1.5. Counting nucleotides cours / présentation
1.5. Counting nucleotides
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : In this session, don't panic. We will design our first algorithm. This algorithm is forcounting nucleotides. The idea here is that as an input,you have a sequence of nucleotides, of bases, of letters, of characters which ends with a star symbol, here. And, you want to count the number of A,C, G ...
Présentation de la ressource en auto-formation 4.7. Coûts et alignement cours / présentation
4.7. Coûts et alignement
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce dernier noeud, si les coûts de ces trois noeuds-là étaient connus comme étant optimaux, eh bien le ...
Présentation de la ressource en auto-formation De la création à l'évolution: l'invention de la biologie cours / présentation
De la création à l'évolution: l'invention de la biologie
Auteur(s) : LANGANEY André
Description : Face à des dogmes religieux qui donnaient la priorité à l’irrationnel et à des prêtres qui faisaient torturer et tuer ceux qui n’y croyaient pas, la construction de la théorie de l’évolution fût lente et souvent dramatique. C’est aujourd’hui le fondement incontournable de la biologie, même si elle ...
Présentation de la ressource en auto-formation 1.10. Des fenêtres glissantes et recouvrantes cours / présentation
1.10. Des fenêtres glissantes et recouvrantes
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Notre sympathique algorithme de balade sur l'ADN, a permis de mettre en évidence des biais de composition de séquences, a fait apparaître sur le tracé un point de rebroussement que l'on peut interpréter comme étant l'origine de réplication. On peut donc être fier d'avoir un algorithme qui serait ...