134 ressources en auto-formation : génomique

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134 résultats
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Résultats de 41 à 50
Présentation de la ressource en auto-formation 3.1. All genes end on a stop codon cours / présentation
3.1. All genes end on a stop codon
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : Last week we studied genes and proteins and so how genes, portions of DNA, are translated into proteins. We also saw the very fast evolutionof the sequencing technology which allows for producing large genomic texts, it is now possible to sequence a whole genome. But it is just thebeginning of the ...
Présentation de la ressource en auto-formation Apport de l'informatique à la génomique des cancers cours / présentation
Apport de l'informatique à la génomique des cancers
Auteur(s) : VIARI Alain
Description : La plupart des gènes de notre génome sont présents en deux copies (une sur chaque chromosome homologue). Dans un génome tumoral, en revanche, il est fréquent d'observer soit des pertes soit, au contraire, des amplifications du nombre de copie d'un gène, conduisant à la dérégulation des processus ...
Présentation de la ressource en auto-formation 1.2. At the heart of the cell: the DNA macromolecule cours / présentation
1.2. At the heart of the cell: the DNA macromolecule
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : During the last session, we saw how at the heart of the cell there's DNA in the nucleus, sometimes of cells, or directly in the cytoplasm of the bacteria. The DNA is what we call a macromolecule, that is a very long molecule. It's Avery, in 1944, who discovered that the DNA was the support of genetic ...
Présentation de la ressource en auto-formation 1.2. Au cœur de la cellule, la molécule d’ADN cours / présentation
1.2. Au cœur de la cellule, la molécule d’ADN
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Au cœur de chaque cellule se trouve donc la molécule d'ADN, flottant directement dans le cytoplasme dans le cas des cellules procaryotes, par exemple bactériennes, ou contenue dans le noyau des cellules eucaryotes. Que sait-on actuellement de cette molécule d'ADN ? C'est un long parcours là encore ...
Présentation de la ressource en auto-formation 3.9. Benchmarking the prediction methods cours / présentation
3.9. Benchmarking the prediction methods
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : It is necessary to underline that gene predictors produce predictions. Predictions mean that you have no guarantees that the coding sequences, the coding regions,the genes you get when applying your algorithm, are true genes, thatis genes which have a biological existence. Only experimental anal ...
Présentation de la ressource en auto-formation 3.6. Boyer-Moore algorithm cours / présentation
3.6. Boyer-Moore algorithm
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : We have seen how we can make gene predictions more reliable through searching for all the patterns,all the occurrences of patterns. We have seen, for example, howif we locate the RBS, Ribosome  Binding Site, upstream gene we can make the prediction of the coding sequence more reliable. So it is ...
Présentation de la ressource en auto-formation 5.3. Building an array of distances cours / présentation
5.3. Building an array of distances
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : So using the sequences of homologous gene between several species, our aim is to reconstruct phylogenetic tree of the corresponding species. For this, we have to comparesequences and compute distances between these sequences and we have seen last week how we were able to measure the similarity between ...
Présentation de la ressource en auto-formation 4.10. Cet algorithme est-il efficace ? cours / présentation
4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : La version itérative de notre algorithme d'alignement optimal de séquences est indéniablement beaucoup plus efficace que sa version récursive, puisque nous avons vu qu'il permettait d'éviter que le coût d'un même nœud soit réévalué plusieurs fois. Mais qu'en est-il véritablement de l'efficacité ...
Présentation de la ressource en auto-formation 1.8. Changer l’échelle du chemin cours / présentation
1.8. Changer l’échelle du chemin
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Dans la session précédente, je vous ai proposé de m'accompagner dans une balade sur l'ADN. En fait un parcours de la séquence avec un tracé de segments, dont l'orientation dépendait de la lettre courante de la séquence et on a vu que ceci nous permettait effectivement de tracer un chemin. Et nous ...
Présentation de la ressource en auto-formation 3.5. Comment améliorer la qualité des prédictions ? cours / présentation
3.5. Comment améliorer la qualité des prédictions ?
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Il faut toujours le répéter et le souligner, les algorithmes qui déterminent des gènes déterminent des gènes candidats. Ce sont des prédictions de gènes. Donc la question est de savoir s'il est éventuellement possible d'améliorer nos algorithmes de façon à améliorer la qualité de nos prédictions. ...