134 ressources en auto-formation : génomique

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134 résultats
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Présentation de la ressource en auto-formation 3.3. À la recherche des codons start et stop cours / présentation
3.3. À la recherche des codons start et stop
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Nous avons écrit la structure, l'ossature d'un algorithme de prédiction de gènes dans un génome bactérien, en utilisant les principes que nous avions énoncés précédemment. Cet algorithme est incomplet puisque pour l'instant, nous avons repoussé l'écriture des 2 fonctions nécessaires à la recherche ...
Présentation de la ressource en auto-formation 4.6. A path is optimal if all its sub-paths are optimal cours / présentation
4.6. A path is optimal if all its sub-paths are optimal
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : A sequence alignment between two sequences is a path in a grid. So that, an optimal sequence alignmentis an optimal path in the same grid. We'll see now that a property of this optimal path provides us with scanned lines for designing an optimization algorithm. The property is the following. A path ...
Présentation de la ressource en auto-formation 4.8. A recursive algorithm cours / présentation
4.8. A recursive algorithm
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : We have seen how we can computethe optimal cost, the ending node of our grid if we know the optimal cost of the three adjacent nodes. This is this computation scheme we can see here using the notation of the pseudo code and not the mathematical notation we used in the previous sessions. So again ...
Présentation de la ressource en auto-formation 4.5. A sequence alignment as a path cours / présentation
4.5. A sequence alignment as a path
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : Comparing two sequences and thenmeasuring their similarities is an optimization problem. Why? Because we have seen thatwe have to take into account substitution and deletion. During the alignment, the comparison of the two sequences, we haveto insert blank characters at a certain position in order ...
Présentation de la ressource en auto-formation 3.2. A simple algorithm for gene prediction cours / présentation
3.2. A simple algorithm for gene prediction
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : Based on the principle we statedin the last session, we will now write in pseudo code a firstalgorithm for locating genes on a bacterial genome. Remember first how this algorithm should work, we first need to find two consecutive stop triplets in the same phase, same phase meansthe number of letters ...
Présentation de la ressource en auto-formation 2.4. A translation algorithm cours / présentation
2.4. A translation algorithm
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : We have seen that the genetic codeis a correspondence between the DNA or RNA sequences and aminoacid sequences that is proteins. Our aim here is to design atranslation algorithm, we make the hypothesis that the genetic codehas been implemented as an array as presented in the lastslide of the previous ...
Présentation de la ressource en auto-formation 2.6. Algorithmes + structures de données = programmes cours / présentation
2.6. Algorithmes + structures de données = programmes
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : En écrivant le code de la fonction, qui recherche un triplet dans le tableau qui implémente le code génétique, nous avons terminé et obtenu un algorithme de traduction d'une séquence d'ADN, voire d'ARN, en protéines. Arrêtons-nous quelques instants pour évaluer la qualité de cet algorithme, et en ...
Présentation de la ressource en auto-formation 2.6. Algorithms + data structures = programs cours / présentation
2.6. Algorithms + data structures = programs
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : By writing the Lookup GeneticCode Function, we completed our translation algorithm. So we may ask the question about the algorithm, does it terminate? Andthe answer is yes, obviously. Is it pertinent, that is, doesit return the expected answer? The answer is yes, if you giveas an input a sequence ...
Présentation de la ressource en auto-formation 4.4. Aligning sequences is an optimization problem cours / présentation
4.4. Aligning sequences is an optimization problem
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : We have seen a nice and a quitesimple solution for measuring the similarity between two sequences. It relied on the so-called hammingdistance that is counting the number of differencesbetween two sequences. But the real situation is a bitmore complex as we'll see now, it needs an adequatesolution ...
Présentation de la ressource en auto-formation 4.7. Alignment costs cours / présentation
4.7. Alignment costs
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : We have seen how we can compute the cost of the path ending on the last node of our grid if we know the cost of the sub-path ending on the three adjacent nodes. It is time now to see more deeply why these costs are used to compute the cost in the last node. So again, we saw how we can compute the ...