590 ressources en auto-formation : algorithme

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590 résultats
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Présentation de la ressource en auto-formation 3.1. Tous les gènes se terminent sur un codon stop cours / présentation
3.1. Tous les gènes se terminent sur un codon stop
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Une fois la séquence d'un génome complet obtenue, débute la phase d'annotation. L'annotation elle-même consiste tout d'abord à rechercher la localisation, c'est-à-dire la position des gènes sur cette séquence. Cette semaine, nous allons nous intéresser à la prédiction des gènes, nous allons étudier ...
Présentation de la ressource en auto-formation Transitions de phase : entre physique, mathématiques et informatique cours / présentation
Transitions de phase : entre physique, mathématiques et informatique
Auteur(s) : BROUTIN Nicolas
Description : Les phénomènes de transition de phase fascinent les physiciens depuis plusieurs siècles. Plus récemment, on a observé des phénomènes similaires dans d’autres domaines notamment la combinatoire et l’informatique.  J’expliquerai quelques liens entre les transitions de phase, les propriétés des grandes ...
Présentation de la ressource en auto-formation 2.4. Un algorithme de traduction cours / présentation
2.4. Un algorithme de traduction
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Une protéine, en tant que succession d'acides aminés, peut-être vue comme le résultat d'un processus de traduction d'une chaîne de caractères écrite dans un alphabet de 4 lettres en une autre chaîne de caractères écrite en un l'alphabet de 20 lettres. La correspondance entre ces 2 chaînes, la table ...
Présentation de la ressource en auto-formation 4.8. Un algorithme récursif cours / présentation
4.8. Un algorithme récursif
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal. Avec les notations que nous avons introduites, je vous rappelle que nous savons, à priori, déterminer le coût de ce noeud-là, autrement dit le coût du chemin ...
Présentation de la ressource en auto-formation 3.2. Un algorithme simple de prédiction de gènes cours / présentation
3.2. Un algorithme simple de prédiction de gènes
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Sur la base des principes énoncés précédemment, nous allons écrire un premier algorithme de prédiction de gènes sur un texte génomique procaryote. Je rappelle ces principes. L'idée est la suivante : de rechercher des triplets STOP consécutifs dans la même phase, consécutifs de telle façon qu'eff ...
Présentation de la ressource en auto-formation 4.5. Un alignement de séquences vu comme un chemin dans une grille cours / présentation
4.5. Un alignement de séquences vu comme un chemin dans une grille
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Description : Pour comparer deux séquences entre elles, il faut donc les aligner. Aligner ces deux séquences suppose faire des hypothèses d'insertion, délétion, aux bons endroits. Ça signifie, d'un point de vue séquence de caractères, insérer des caractères "blank", le tiret, aux endroits appropriés. Approprié ...
Présentation de la ressource en auto-formation Utilisation d’algorithmes de calcul scientifique en topologie et vice-versa cours / présentation
Utilisation d’algorithmes de calcul scientifique en topologie et vice-versa
Auteur(s) : ROUILLIER Fabrice
Description : L’objectif de cet exposé est de tendre quelques élastiques permettant de relier certains travaux réputés abstraits en topologie et quelques applications supposées très concrètes, les élastiques  étant essentiellement constitués pour part d’algorithmes de calcul algébrique et de modélisations adaptées ...
Présentation de la ressource en auto-formation 1.4. What is an algorithm? cours / présentation
1.4. What is an algorithm?
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : We have seen that a genomic textcan be indeed a very long sequence of characters. And to interpret this sequence of characters, we will need to use computers. Using computers means writing program. Writing program means designing first algorithm. So, let's see what an algorithm is. An algorithm ...
Présentation de la ressource en auto-formation 2.9. Whole genome sequencing cours / présentation
2.9. Whole genome sequencing
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : Sequencing is anexponential technology. The progresses in this technologyallow now to a sequence whole genome, complete genome. What does it mean? Well let'stake two examples: some twenty years ago, to sequence the bacillus subtilis bacteria genome took something like ten years,thirty five labor ...
Présentation de la ressource en auto-formation 4.2. Why gene/protein sequences may be similar? cours / présentation
4.2. Why gene/protein sequences may be similar?
Auteur(s) : RECHENMANN Francois
Description : Before measuring the similaritybetween the sequences, it's interesting to answer the question: why gene or protein sequences may be similar? It is indeed veryinteresting because the answer is related to the theory ofevolution which is due, as you all know, to Darwin. What Darwinsays is that species ...