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MOOC La métabolomique : enjeux technologiques et scientifiques

Inscriptions ouvertes jusqu'au 31 octobre 2018

Ce MOOC est destiné à vous familiariser avec les concepts et méthodologies appliqués au profilage métabolique et à la métabolomique. Les principaux usages et domaines d'applications vous y sont révélés.

Présentation du MOOC La métabolomique : enjeux technologiques et scientifiques

Informations pratiques sur le MOOC

  • Type: MOOC, cours en ligne, quiz, travaux pratiques, étude de cas, attestation de suivi
  • Temps d'apprentissage: 5 semaines
  • Niveau: Enseignement supérieur
  • Durée d'exécution: 04:00h/semaine
  • Langues: français
  • Contenu: vidéos
  • Public cible: étudiants en sciences, chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens
  • Age attendu: 21 et +
  • Droits: Droits réservés

Description du MOOC

Ce MOOC propose à la communauté francophone de découvrir la métabolomique, une nouvelle démarche scientifique et méthodologique.

Tous les êtres vivants possèdent un métabolisme, c'est-à-dire l'ensemble des réactions biochimiques qui se déroulent en leur sein :

  • cellules
  • animaux
  • végétaux
  • champignons

La métabolomique s'attache à identifier et à quantifier de façon exhaustive - et non sélective - tous les métabolites d'un système biologique. Issue de l'ère post-génomique et en constante évolution, cette démarche se situe au croisement de :

  • la chimie analytique
  • la bioinformatique
  • les statistiques
  • biologie

Elle s'applique à tous les domaines des Sciences de la Vie :

  • santé
  • biotechnologies
  • environnement
  • alimentation
  • agriculture

S'appuyant sur des techniques sophistiquées comme la spectrométrie de masse ou la spectrométrie par résonance magnétique nucléaire, la métabolomique apporte des solutions technologiques et offre de nouvelles perspectives scientifiques : un essai clinique sur près de 1000 patients entre 2008 et 2010 a démontré par exemple son efficacité dans le diagnostic précoce et non évasif de certains types de cancer. Cela constitue un horizon très encourageant à moyen terme pour des millions de personnes. La métabolomique fait ainsi émerger de nouveaux horizons économiques et sociétaux majeurs.

20 contributeurs, enseignants et chercheurs, choisissent aujourd'hui de vous accompagner vers les enjeux scientifiques de demain !

Déroulement du MOOC

Vous prendrez part à des activités pédagogiques variées au cours des 5 semaines que dure ce MOOC :

  • ressources
  • entraînements
  • manipulations de logiciels
  • conseils
  • discussions
  • synthèses
  • ouvertures sur les professions de terrain

Plan du MOOC

  • Semaine 1 : La métabolomique :
    • définition
    • méthodes
    • usages
  • Semaine 2 : acquérir des données et utiliser les plateformes
  • Semaine 3 : Analyser et traiter l'information
  • Semaines 4 et 5 : Pratiquer la métabolomique

Évaluation

Vous serez évalué à partir de quiz hebdomadaire en semaines 1, 2 et 3. En semaine 4 vous le serez à partir de :

  • quiz
  • travaux pratiques
  • étude de cas
  • synthèse évaluée par les pairs

La semaine 5 comprend essentiellement le temps d'évaluation de 3 synthèses par chaque participant.

Une attestation de suivi avec succès vous sera délivrée à la fin du MOOC si vous obtenez au moins 60% des points. Une mention pourra être apposée à l'attestation :

  • "Excellent" pour un score supérieur ou égal à 90 % des points
  • "Très bien" pour un score supérieur ou égal à 80 % des points
  • "Bien" pour un score supérieur ou égal à 70 % des points

Informations pédagogiques

Public

  • Public visé : Ce MOOC est destiné :
    • aux étudiants de Sciences qui souhaitent en savoir plus sur la métabolomique :
    • Licence ou Master de Biologie
    • Chimie
    • Mathématiques
    • Physique
    • Informatique
    • etc.

mais aussi :

    • aux chercheurs
    • aux enseignants-chercheurs
    • aux ingénieurs
    • aux techniciens

qui souhaitent se familiariser avec la métabolomique pour l'intégrer dans leur projet de recherche, et enfin :

    • aux chefs d'entreprises
    • aux acteurs de l'industrie

que la métabolomique interpellent et qui hésitent à faire le pas.

  • Pré-requis : Ce MOOC est totalement ouvert. Il s'adresse à des participants débutants ou confirmés. Des connaissances scientifiques de fin de Licence ou Master sont conseillées pour suivre le cours :
    • en biologie
    • en chimie
    • en mathématiques
    • en physique
    • en informatique

Objectif pédagogique du MOOC

  • Objectif : Ce MOOC va vous permettre d'avoir la maîtrise de la métabolomique en ce qui concerne :
    • les concepts
    • les outils
    • les méthodologies

Vous aurez alors la capacité à intégrer cette démarche dans vos projets, ce qui constitue un enjeu de formation capital.

Intervenants, édition et diffusion du MOOC La métabolomique : enjeux technologiques et scientifiques

Intervenants

Conception et Réalisation pédagogique et technique

Service universitaire de pédagogie et des TICE de l'Université de Rennes 1

Conception - Réalisation - Production

  • Ingénierie pédagogique :
    • Pierre-Marie Vrignaud

C.N.R.S. - Institut Français de Bioinformatique - Université de Rennes 1

  • Image et post-production :
    • Guillaume Leveaux
    • Stéphane Rasoarahona

Université de Rennes 1

  • Infographie et motion design :

David Baya

Université de Rennes 1

  • Administration de production :

Delphine Chien Chow Chine

Université de Rennes 1

  • Ingénierie juridique :

Caroline Gravier

Université de Rennes 1

  • Pilotage et coordination technique :

Ronan Le Cornec

Université de Rennes 1

Remerciements

Les étudiants co-concepteurs du cours (Master "Biologie, Agrosciences - Parcours amélioration, production, valorisation du végétal à l'Université de Rennes 1) :

  • Amélie Morin
  • Julien Le Moullec
  • Victor Marie
  • Charles Tardif

Dédicace

Ce MOOC est dédié à Christophe Caron qui fut le moteur et l'animateur de ce projet. Il aura profondément marqué la communauté bioinformatique et aussi l'Institut Français de Bioinformatique, dont il fut pionnier par de nombreuses actions.

Édition

Diffusion

Plateforme

Suivez le MOOC sur les réseaux sociaux :

Conditions d'utilisation :

  • Du cours : Droits réservés. Licence restrictive : la production relève de la propriété intellectuelle de son auteur et ne peut donc pas être réutilisée.
  • Des contenus produits par les participants : Licence Creative Commons NY-NC-ND (Attribution - Pas d'Utilisation Commerciale - Pas de Modification). Cette licence autorise une diffusion sans aucune modification des ressources produites avec mention explicite des auteurs.

Documents annexes - MOOC La métabolomique : enjeux technologiques et scientifiques

Lectures recommandées

Afin d'entrer dans la thématique du MOOC, vous êtes invité à lire ces 2 narticles introductifs :

Publication : 31.08.2018

Équipe pédagogique

Enseignants

  • Serge Akoka

Université de Nantes - E.B.S.I. (Élucidation de Biosynthèses par Spectrométries Isotopiques) de l'U.M.R. CEISAM - Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique (R.F.M.F.)

  • Julien Boccard

Université de Genève - Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique (R.F.M.F.)

  • Alain Bouchereau

Université de Rennes 1 - Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique (R.F.M.F.)

  • Frédérique Courant

Université de Montpellier - Contaminants Émergents de l'Unité Hydrosciences - Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique (R.F.M.F.)

  • Catherine Deborde

INRA - Plateforme Métabolome Bordeaux - U.M.R. Biologie du Fruit et Pathologie (B.F.P.) - Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique (R.F.M.F.)

  • Patrick Giraudeau

Université de Nantes - Institut Universitaire de France - U.M.R. CEISAM - Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique (R.F.M.F.)

  • Bernadette Govaerts

Université Catholique de Louvain

  • Yann Guitton

Laboratoire d'Études des Résidus et Contaminants dans les Aliments - Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique (R.F.M.F.)

  • Daniel Jacob

INRA - Plateforme Métabolome Bordeaux

  • Fabien Jourdan

INRA - Serveur web MetExplore - Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique (R.F.M.F.)

  • Bruno Le Bizec

École Nationale Vétérinaire de Nantes - Laboratoire d'Études des Résidus et Contaminants dans les Aliments

  • Alain Paris

Muséum national d'Histoire naturelle

  • Dominique Rolin

Université de Bordeaux - Université de Tsukuba - Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux - MetaboHub

  • Etienne Thevenot

C.E.A. - MetaboHub

  • Marie Tremblay-Franco

AXIOM / INRA Toulouse - Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique (R.F.M.F.)

Intervenants